利用黑曲霉来制作柠檬酸是从柠檬酸出现到现在一直使用的制作方法。在一百年前在这个技术当中把黑曲霉放入含有蔗糖或者是葡萄糖的培养中进行培养，然后用来生产柠檬酸。
但是最早1893年的时候在意大利有人利用青霉菌作为制作柠檬酸的首要微生物，而黑曲霉是四十多年后才有美国的一个食物化学家研发出来的。后来黑曲霉就一直是制作柠檬酸的方法。
按照黑曲霉的制作方法就是找糖类的溶液包括玉米浆、玉米粉的水解产物、蜜糖发酵液或者其它考虑好成本的糖类溶液。然后再去除掉霉菌过后，再向有所剩余的溶液当中加入氢氧化钙另一种产品，使柠檬酸与氢氧化钙发生反应生成柠檬酸钙沉淀，等待分离出沉淀之后再加入硫酸就能够得到柠檬酸，但是具体的硫酸的量就是需要每次的配比考虑。
这项技术就是现在一直在使用的技术。